Le Doubs, le Ruisseau Bief de Baraitaine, le Ruisseau du Moulin Tacot sont les principaux cours d'eau qui traversent la commune, qui compte par ailleurs plusieurs étangs : l'étang Rouard, l'étang Guyotte, l'étang Ventard et l'étang du bois.
Une aire d'alimentation de captage de 682,5ha est présente sur la commune.