Le Doubs, le Ruisseau Bief de Baraitaine, le Ruisseau du Moulin Tacot sont les principaux cours d'eau qui traversent la commune, qui compte par ailleurs plusieurs étangs : l'étang Rouard, l'étang Guyotte, l'étang Ventard et l'étang du bois.
Une aire d'alimentation de captage de 682,5ha est présente sur la commune.
Consignes pour sensibiliser les usagers au respect de la zone naturelle protégée de la basse vallée du Doubs.